自从去年秋天出洋考察大臣陆续回国之后，中国进入了疾风骤雨般的大改革时期：改定官制、整理法律、预备立宪……立宪派一系列改革措施让人眼花缭乱，其目的无非想使大清统治千秋万代，结果却引起守旧派和革命派的强烈不满，对各项措施都予以抨击和阻止。
守旧派多是朝中官员，他们认为君主立宪会架空皇帝，进而丧失皇权；新设立的总理大臣大权在握，把持朝政，一旦紊乱朝纲，便会行王莽、曹操之举，进行改朝换代。所以拼命加以阻止，便有了朝廷官员之间相互攻讦的“丁未政潮”。
革命派为了自己能够夺权，对于所有可能巩固朝廷统治的措施都持反对意见，也不管这些措施是否与民有利。由于革命派无权无势，只好采用最暴力的手段来表达自己的意志：造反。江南一带迅速成为火药桶：1906年12月，湖南爆发萍浏醴起义；1907年6月，广东发生七女湖起义；7月，安徽爆发安庆起义；9月，广东发生钦廉防城起义……
正是这两股势力捣乱，让清末原本就岌岌可危的政局变成了摇摇欲坠。这好比大海上一条顶风逆行的破船，几个有眼光的船员发现风向不对、船体破裂，便劝船长一边调转船头、一边维修破船。刚提出自己的看法，马上有人站出来反对：“不行！船是祖宗留下的，不能乱动；方向是祖宗指定的，不能乱改。”在两派吐沫横飞、各持己见的时候，却有些人拿出锤子斧头，对着破船就是一通破坏，用行动表示自己的看法：我们应该打倒一切，废旧立新！
就这样，本来还能多支撑几年的破船，在三伙人的角力下，在原地打转转，并出现下沉的迹象。
朝中乱局在湖北也有体现：
主流是立宪派，以湖广总督张之洞为代表，声势最大。虽然主张君主立宪，其实心中还是倾向于确保皇权，所以他们和守旧的保皇派之间没有太大的冲突，反倒有合流的意思。
铁杆保皇派除了乡间士绅老儒，在官场上也有，不过影响力有限，毕竟张南皮在湖北呆了这么多年，不合自己意思的官员早被他扫地出门了。
至于革命派，主要是广大新式学堂学生、以及编练的新军，属于潜流，在正式场合完全没有任何声音。但在暗地里，却蠢蠢欲动。
作为生在春风里、长在红旗下的新青年，孙元起在心底里是倾向于革命的。但来清朝这么多年，思想也发生一些变化，对于革命有了自己的看法：暴力革命必须在杰出人物的领导下，发生在可控范围内，不能损害国家和大多数国民的利益；革命发生之后，国家应该迅速稳定下来，转向经济建设，改善民生，而不是社会动荡、军阀混战。
年初偶尔一个机会，孙元起看到去年秋冬间孙中山、黄兴等人在东京制定的《革命方略》，其中《对外宣言》有这么几条：在革命成功之后，“所有中国前此与各国缔结之条约，皆继续有效”、“偿款外债照旧担任，仍由各省洋关如数摊还”、“所有外人之既得权利，一体保护”。尽管孙元起明白，这是革命党人为了获取列强支持而不得不采取的办法，心中依然愤愤不平，对同盟会颇为失望。
即便对同盟会失望，孙元起对于它的未来还是有所期待，希望它能肩负起历史的重任，推翻满清，建立民国；而不是企盼满清政府立宪成功，华夏子孙永远做满人皇帝的奴才。
对立宪不免持有消极的观望态度，加上自己对于学校进行大胆改制，消减其中经学内容，在湖北官场上孙元起便成了另类。张之洞出任协办大学士之后，直接绕开孙元起这个湖北提学使，在武昌成立一所存古学堂，训词中说道：
“近日学堂怪风恶俗，不忍睹闻。为国家计，则必有乱臣贼子之祸；为世道计，尤不胜洪水猛兽之忧。谨于湖北省设立存古学堂，以经、史、词章、博览四门为主，而以普通科学辅之，庶经训不坠，以保国粹而息乱。”
这几乎是指着孙元起的鼻子，否定他在过去一年间的所作所为了。很多人以为孙元起会在短时间内灰溜溜地滚出湖北，谁成知很快离开湖北的却是张之洞。但人家是荣升大学士、军机大臣，在湖北他的影响力还在，足以让孙元起的一些改革措施遭受或明或暗的阻碍，甚至有些举步维艰。
政局波谲云诡，让人难以捉摸。据学生们反应，激进的革命党人甚至把自己改造学堂、提高教育质量的行为，视为维护清廷统治，大为不满。如果他们有机会，想来不会介意在自己的刺杀成果上增加一个提学使吧？按照张之洞等保守派的态度，如果杀一儆百维护朝廷稳固，想来清政府也不会吝啬革职拿办一个提学使吧？
孙元起本来就不耐烦做官，被张之洞批判之后，便萌生去意。谁知告病辞呈还没写好，张之洞先向朝廷请假养病。之后，便是张之洞北上、赵尔巽西来。乘着新旧交替的间隙，孙元起准备先把全省中小学布局做个大调整，顺便把自强学堂改建为武昌大学堂，等事情告竣后再辞职，也算善始善终吧。
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