7月20日，第六轮六方会谈团长会议在北京闭幕并发表新闻公报，各方就下一阶段工作达成四点框架共识，并制定了三步骤实施“路径”。
8月2日，美方首席代表、助理国务卿希尔说，朝鲜已同意在2007年底前全面申报其核计划并使所有核设施“去功能化”。
9月1日至2日，美朝双边工作组第二轮会谈在日内瓦举行，双方就朝鲜全面申报其核计划并使所有核设施“去功能化”达成共识。
11月1日，美国核专家组抵达朝鲜，参与宁边核设施的去功能化工作。
11月27日至29日，由中国、韩国、日本、美国和俄罗斯等5国官员和专家组成的10人调查团抵达平壤，对朝鲜核设施去功能化情况进行了实地调查。调查团成员之一、中国外交部朝鲜半岛事务大使陈乃清说，目前去功能化工作总体进展顺利。
12月3日至5日，美国助理国务卿、朝核问题六方会谈美国代表团团长希尔访问朝鲜，考察宁边核设施去功能化的进展情况，并与朝官员讨论朝申报核计划问题。5日，希尔转交了美国总统布什给朝鲜最高领导人金正日的亲笔信。布什在信中谈及两国关系正常化是最终目标。
12月14日，美国总统布什在华盛顿再次呼吁朝鲜全面申报其核计划和核扩散行为。
2008年
1月4日，朝鲜全面阐述其履行“103共同文件”的立场，认为美国等有关方面没有及时履行协议，并指出“103共同文件”的执行被延迟，责任不在朝鲜。随后，美方表示，朝鲜并没有提交正式的核计划申报书，并多次强调，在朝鲜进行完整、准确的申报之前，美国不会启动将朝鲜从“支持恐怖主义国家”的名单中删除和对朝终止适用《敌国贸易法》的程序。
3月13日，朝核问题六方会谈美国和朝鲜两国代表团团长在日内瓦举行会谈，但双方未就朝鲜申报核计划等具体问题达成协议。
4月8日，朝核问题六方会谈美朝两国代表团团长在新加坡会晤。双方在履行六方会谈共同文件的关键问题上达成共识。
4月22日至24日，美国朝核问题工作小组访问平壤，与朝鲜讨论了有关履行共同文件的具体问题，其中包括朝鲜核计划申报内容等问题。
5月8日，美国朝核问题工作小组再次访问平壤。访问期间，朝鲜向美国移交了长达1.8万页的核设施运行记录。
6月10日，美国朝核问题工作小组三度访问平壤，与朝鲜讨论了朝鲜核设施去功能化的技术性及事务性问题，以及有关各方对此进行政治和经济补偿的问题。朝鲜说磋商“取得了成果”。
6月11日，朝核问题六方会谈经济及能源合作工作组在板门店举行会议。与会各方就向朝提供经济及能源援助问题深入交换了意见，并就加快援助步伐达成一致。
6月11日至12日，朝鲜和日本在北京举行政府间工作会谈。根据双方达成的协议，朝鲜将重新调查“绑架问题”，而日本将部分解除对朝经济制裁。
6月18日，美国国务卿赖斯表示，在朝鲜申报其核计划之后，美国将把朝鲜从“支恐”名单上删除，朝鲜也将不再受美国《敌国贸易法》制裁。25日，美国重申有条件将朝鲜从“支恐”名单中删除。
6月26日，六方会谈发表主席声明，表示六方会谈落实共同声明第二阶段行动取得积极进展。朝鲜26日正式向朝核问题六方会谈主席国中国提交核计划申报书。美国白宫在确认朝鲜提交核清单的同时宣布，美国将部分解除对朝鲜的贸易制裁，以及着手将朝鲜从“支持恐怖主义国家”名单中删除。
6月27日，朝鲜于当地时间17时05分（北京时间16时05分）炸毁其宁边地区核设施的冷却塔。
7月10日至12日，朝核问题六方会谈团长会在北京钓鱼台举行。会后发表新闻公报，各方同意在六方会谈框架内建立朝鲜半岛无核化的验证和监督机制。根据公报，验证机制由六方专家组成，验证措施包括视察设施、提供查阅文件、技术人员面谈，以及六方一致同意的其他措施。由六方团长组成的监督机制，将确保各方信守并履行各自在六方会谈框架内作出的承诺，包括不扩散和对朝经济与能源援助。
8月26日，朝鲜外务省发言人在平壤发表声明说，朝鲜已在14日停止宁边地区核设施的去功能化作业，并已将这一措施通报了有关国家。同时，朝鲜“将根据有关部门的强烈要求，考虑采取按原状重新恢复宁边核设施的措施”。美国白宫发言人弗拉托26日重申，在朝核问题六方会谈有关各方对朝鲜核计划实行核查达成一致之前，美国不会将朝鲜从支持恐怖主义国家的名单中删除。
2009年
1月13日，朝鲜外务省发表谈话说，只有在美国消除对朝鲜的核威胁以及美国不再对韩国提供核保护伞的时候，朝鲜才会放弃核遏制力。
1月17日，朝鲜人民军总参谋部发表声明，宣布由于韩国李明博政府继续执行对朝敌视政策，朝鲜将同韩国进行“全面对抗”。
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